北海道高教組には、9つの専門部があります。
【女性部】 女性部は、男性も女性も仕事と生活を両立させて生きいきとはたらきつづけるための権利の拡充、母性保護などのとりくみをすすめるとともに、他労組女性部や女性団体とも共同して女性の地位向上、男女平等社会の実現をめざして運動しています。
【現業職員部】 現業職員部は、現業職員にかかわる要求・課題の実現をめざして活動しています。子どもたちが安心して学べる学校をつくっていくためにも、学校現業職員を学校教育法・定数法に位置づけることを求めています。
【青年部】 青年部は、青年教職員の「学びたい」「つながりたい」との願いに応えて、教育研究活動、学習会、レクリエーションなど多様なとりくみを行っています。また、ハラスメントや長時間過密労働などから新採用者・青年教職員を守り、こうした状況の打開に向けてとりくんでいます。
【事務職員部】 事務職員部は、学校事務職員の賃金・労働条件の改善、職務の確立にとりくむとともに、教育条件の整備・拡充をめざし、どの子にも差別なく教育を保障する無償教育の実現を求めて運動しています。
【養護教員部 】 養護教員部は、養護教諭の全校・全課程への配置と正規採用による複数配置、「高等学校の設置基準」の見直しを強く求めてとりくみをすすめています。
【実習教員部】 実習教員部は、実験・実習教育を充実させ、より豊かな教育をまもり、実習教員の多面的な要求・課題を実現するために活動しています。
【障害児学校部】 障害児学校部は、障害がある子どもたちのいのちとひとみ輝く教育の前進、教職員が健康でいきいきと働き続けることができる労働条件改善をめざしてとりくんでいます。
【定通部】 定通部は、定時制・通信制教育の民主的発展と定時制・通信制教育にたずさわる教職員の要求・課題を実現するために活動しています。
【学校図書館職員部】 学校図書館職員部は、学校図書館で働く学校司書、図書館職員の仲間で構成されています。図書館職員の身分の確立、権利の拡大、学校図書館の充実をめざして活動しています。